вообще для любого анализа на клеточном сортере или проточном цитофлюориметре необходимо учитывать только живые и одиночные клетки при измерении любого окрашивания.!
исходя из контекста той статьи, которую Вы переводите, клетки после трансфекции красили на проточном цитофлюориметре для определения экспрессии белков оболочки ВИЧ.
При этом экспрессию Env необходимо определить только в живых клетках, а также добиваться того, чтобы прибор учитывал только одиночные клетки!! (это можно делать, например, путем подсчета генетического материала c помощью любого красителя на ДНК (PI, Dapi, Hoechst)). При этом отскаем мертвые клетки и учитываем только одиночные.
Т.е. делали гейты для популяций клеток таким образом, чтобы учитывать только одиночные и живые клетки (можно: одиночные живые клетки).
Вот небольшой пример из книги: …..Our staining procedure comprises Fc blocking and our analysis includes dead cell, CD14/CD16/CD19, and doublet exclusion. Doublets exhibit a higher signal width or area to height ratio compared to single cells (singlets). http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/cyto.a.22247/full